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重大科研希望!南京林业大学,公布首个高质量染色体级别簸箕柳基因组!-欧洲杯线上买球官网

本文摘要:克日,南京林业大学尹佟明教授课题组在《Horticulture Research》揭晓了题为The chromosome-scale assembly of the willow genome provides insight into Salicaceae genome evolution的研究论文,课题组完成了首个高质量染色体级此外簸箕柳参考基因组。南京林业大学林木遗传育种与品种改良重点实验室的韦素云博士为本论文的第一作者,尹佟明教授为通讯作者。

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克日,南京林业大学尹佟明教授课题组在《Horticulture Research》揭晓了题为The chromosome-scale assembly of the willow genome provides insight into Salicaceae genome evolution的研究论文,课题组完成了首个高质量染色体级此外簸箕柳参考基因组。南京林业大学林木遗传育种与品种改良重点实验室的韦素云博士为本论文的第一作者,尹佟明教授为通讯作者。该研究获得国家重点研究生长计划的支持。

簸箕柳是一种原产我国的当年着花的灌木柳,杨树的姊妹种,具有速生丰产、轮伐期短、个体较小,易于繁殖等特点,是重要的生物质能源和造林用材树种。灌木柳地理漫衍广泛,能适应差别的生态情况,存在富厚的自然变异,是研究林木遗传育种的理想质料。

2014年7月,南京林业大学尹佟明教授课题组首次完成了簸箕柳基因组的第二代测序和组装事情,为加速杨柳科植物分子育种的研究奠基了重要基础。该研究综合使用三代PacBio测序和Hi-C技术,获得了一个高质量染色体版本的簸箕柳参考基因组。新组装的簸箕柳基因组巨细为356 Mb,Contig N50为263,908bp,是先前版本的65倍,注释了36,937个卵白编码基因,95.29%的簸箕柳基因组序列能够挂载到19条染色体上。

新组装的簸箕柳具有更高的一连性和完整性,将更有助于杨柳科物种比力基因组的研究,并为木本植物研究提供了高质量的基因组资源。杨属和柳属是杨柳科的姐妹属,通过对杨柳比力基因组发现杨树和柳树起源于同一个祖先,配合履历了杨柳科特有"Salicoid"全基因组复制事件。杨树和柳树的直系同源基因和各自的旁系同源基因4DTv突变率讲明杨树和柳树的基因组分化发生在"Salicoid"全基因组复制事件之后。杨树和柳树染色体之间的共线性分析进一步证实了"Salicoid"复制事件之后染色体的裂变和融合导致了杨柳姊妹属的分化。

杨柳基因组上差别的Ka/Ks突变率表现柳树基因组收到更强的纯化选择压力,这可能是导致柳树的基因数量小于杨树的重要因素。"和杨树相比,现在针对簸箕柳分子生物学的研究还相对落伍。"论文通讯作者尹佟明说。

基于高质量基因组图谱的绘制乐成,"后期将开展簸箕柳遗传转化体系的研究,有望将簸箕柳开发成为木本植物功效基因组研究的模式树种。"延伸阅读:尹佟明:南京林业大学教授、博士生导师。主要研究偏向是林木遗传育种、分子数量遗传学、林木基因组与生物信息学。先后获得瑞典国际基金会频发的Jubilee Award、美国能源部橡树岭国家实验室科学技术奖、瑞典国际基金会青年科学奖、国家良好青年基金资助等奖项,并获得江苏省十大青年科技之星称呼,入选教育部"新世纪优秀人才支援计划"。

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先后主持过二项国家自然科学基金项目,主持瑞典国际基金项目一项,并获霍英东基金会资助项目一项。先后到场国家自然科学基金重点项目,863项目及国家科委攻关项目等多项研究。

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